选择 Zotero 的原因
最早使用的文献管理软件是 Mendeley，虽然读的文献不多，但也逐渐发现它的几个关键问题：同步很慢，非常慢，特别是遇到那种图片多的大长篇总要折腾好久；此外，Mendeley 的 PDF 标注功能不是基于标准 PDF 格式，无法在其他平台上浏览；最后，跨平台的同步并不方便。
明确自己的需求之后，经过一些横向比较，最终选择了 Zotero，其优势在于：开源、轻巧；Chrome/Firefox 插件非常非常便捷；简单折腾即可实现跨平台文献管理；官方论坛活跃。存在的缺陷：需要一定的学习成本；不内置 PDF 阅读器（这可能也是优点）。
迁移与安装
从 Mendeley 中导出数据的时候发现其 PDF 上的标注格式全乱了，而且 Mendeley 从 1.19 版本开始加密本地数据库了，无法用其他方式读取，在 GitHub 找到不少从 Mendeley 到 Zotero 的导出工具都需要降级到 1.18，相当复杂。不过好在之前的笔记也不算多，干脆直接丢弃了，保留 PDF 文件重新导入 Zotero，这次换到开源软件应该能规避这类潜在的问题。
Zotero 的安装可以参考官网，最权威的学习资料一定是 官方文档。
掌握基本使用方式之后，这里重点提一下 Zotero 的同步逻辑，主要分为两部分：
- 数据同步（包括文献库的条目、笔记、链接、标签） 免费无限制
- 文件同步（包括 PDF 文档、音频文件、视频文件、图片等） 免费 300MB 空间或使用第三方 WebDAV 网盘
在“编辑>首选项>同步”中注册并登陆 Zotero 账号后即可实现数据同步，下文主要介绍下文件同步的方案。
使用坚果云实现文件同步
这里可以任选一种网盘用来同步论文 PDF 等文件，坚果云的优势在于国内网络下速度不错、支持 WebDAV、不限容量限流量、增量备份很适合做笔记，关键是在 iPad 上同步比 Onedrive 快很多。
具体步骤如下：首先将“文件同步”选项下的两个复选框取消勾选，即不使用 Zotero 同步 PDF 文件；注册并安装坚果云，在 Zotero “高级>文件和文件夹”中把“链接附件的根目录”改为坚果云中同步的文件夹。类似地在其他 PC 上配置就可以实现多台 PC 之间同步了。
使用 Zotfile 保留同步文件可读性
Zotero 专注于文献条目的管理，PDF 等其他附件则被它以不具备可读性的方式存储，因此用上面的这种方式会丢掉文件名、文件结构，这就很难使用 iPad 等其他设备来进行阅读。因此需要安装 Zotfile 插件解决这个问题。
ZotFile 插件的逻辑其实是拷贝了一份“…/Zotero/storage”目录下的源文件，额外创建可定制、可读的文件结构（比如用日期或分类命名文件夹），而我们的目标就是让每台设备都使用相同的逻辑进行文件的拷贝，再将这个拷贝使用坚果云进行同步，这样就可以在任意一台设备上访问这个共同维护的附件系统。
具体步骤如下：在 ZotFile 官网下载 xpi 文件，在 Zotero 选择“工具>插件>Install Add-on From File”，重启 Zotero；打开“工具>ZotFile Preferences”，将“Location of Files>Custom Location”改为坚果云下的 Zotero 文件夹，subfolder 这里选/%c可以按分类建立文件夹路径，“Renaming Rules”中按个人喜好设置文件的命名方式（这两个规则记得在每台设备上保持一直），这一步结束之后坚果云上就会有优雅的文件夹结构了。
注意，之后新增 PDF 文件之后需要手动操作一下“全选 → 右键 → Manage Attachments → Rename Attachments”，这样才能把附件从“数据存储位置”转移到“Custom Location”。
在 iPad 端优雅地阅读
首先在坚果云网页版上开启第三方应用密码，在 iPad 上使用 Documents 等支持 WebDAV 协议的应用进行同步，就可以看到同步过来的论文了。在 iPad 端的阅读其实完全不依赖 Zotero，仅仅是在浏览 ZotFile 拷贝出来的附件系统，因此上文维护的一个可读的文件结构就很重要了。
将 PDF 阅读软件和翻译软件分屏，用 Apple Pencil 做批注，然后保存，此时电脑端的坚果云就会跳出提示“PDF 文件已更新”，大功告成。
关于中文文献的处理方法
有时候会在百度学术、知网上查找一些中文文献，Zotero 的插件并不能很好地捕获相关信息，一个比较快捷的办法是在网页端先“导出 Endnote 引用格式”，然后在 Zotero 中“文件→从剪贴板导入”，最后将 PDF 文件添加到条目中。
另有一个 Zotero 中文插件 Jasminum - 茉莉花 专用于解决中文文献问题，下次一定试试。
写作时文中提及的软件版本：
Zotero for Win10, 5.0.96.2
坚果云 for Win10, 5.2.4
Documents for iPad, 7.8.2.788